Theo đó, qua công tác nắm bắt địa bàn, Phòng Cảnh sát kinh tế (Công an tỉnh) phối hợp cùng Công an xã Biển Hồ và các đơn vị liên quan phát hiện tại bãi đất trống ở làng Phung, xã Biển Hồ (cạnh Khu Công nghiệp Trà Đa) có tình trạng tập kết đá bazan, granite vụn, đá vỡ và bột đá sau chế biến.
Số đá thải này được đổ trực tiếp trên nền đất, không có mái che, tạo thành nhiều đống với khối lượng lớn gây ô nhiễm môi trường. Qua giám định số đá thải trên là chất thải rắn thông thường có trọng lượng hơn 315 tấn.
Quá trình điều tra, lực lượng Công an xác định: Mặc dù không được cơ quan cấp thẩm quyền cấp phép, nhưng đối tượng Nguyễn Ngọc Anh vẫn nhận lại đá thải từ hoạt động chế biến đá của các nhà máy tại Khu Công nghiệp Trà Đa, thuê bãi đất trống trên tập kết để bán lại kiếm lời. Sau đó, Nguyễn Ngọc Anh đã thuê Lê Văn Nhanh trực tiếp quản lý bãi tập kết đá thải trên.
Cơ quan Cảnh sát điều tra Công an tỉnh đã khởi tố vụ án, khởi tố bị can và ra lệnh cấm đi khỏi nơi cư trú với 2 đối tượng về hành vi gây ô nhiễm môi trường quy định khoản 2 Điều 235 Bộ luật Hình sự; tiếp tục điều tra mở rộng các đối tượng có liên quan.
