Theo đó, Bộ Tài chính là cơ quan thường trực của Hội đồng. Bộ trưởng Bộ Tài chính làm Chủ tịch Hội đồng; Thứ trưởng Bộ Tài chính là Phó Chủ tịch Hội đồng.
Các ủy viên Hội đồng gồm lãnh đạo các Bộ: Giáo dục và Đào tạo, Y tế, Xây dựng, Công an, Quốc phòng, Tư pháp, Nội vụ, Công Thương, Nông nghiệp và Môi trường, Khoa học và Công nghệ, Văn hóa-Thể thao và Du lịch, Dân tộc và Tôn giáo; lãnh đạo Ngân hàng Nhà nước Việt Nam.
Hội đồng thẩm định nhà nước có những nhiệm vụ và quyền hạn gồm: tổ chức thẩm định Báo cáo đề xuất chủ trương đầu tư Chương trình, trình Chính phủ xem xét, quyết định; yêu cầu cơ quan được giao chuẩn bị Báo cáo đề xuất chủ trương đầu tư Chương trình cung cấp các tài liệu, thông tin có liên quan đến Chương trình để phục vụ công tác thẩm định.
Ngoài ra, khi cần thiết, yêu cầu sửa đổi, bổ sung hồ sơ để đáp ứng các yêu cầu thẩm định; xem xét, quyết định kế hoạch thẩm định và các vấn đề khác có liên quan trong quá trình thẩm định Báo cáo đề xuất chủ trương đầu tư Chương trình.
Hội đồng làm việc theo chế độ tập thể dưới sự chỉ đạo của Chủ tịch Hội đồng; được sử dụng con dấu và tài khoản (nếu cần) của Bộ Tài chính để phục vụ cho hoạt động.
