Việc kiểm tra có thể được tổ chức tại cơ sở giáo dục, Trạm Y tế cấp xã, cơ sở khám chữa bệnh hoặc địa điểm phù hợp với điều kiện thực tế của địa phương.
Đối với học sinh tại các cơ sở giáo dục phổ thông, nội dung kiểm tra sức khỏe đầu năm học gồm khai thác tình trạng sản khoa, khám thể lực và khám lâm sàng.
Thông qua các nội dung này, cơ sở y tế và nhà trường có thể bước đầu đánh giá tình trạng sức khỏe của học sinh, đồng thời phát hiện những dấu hiệu bất thường cần được tư vấn, theo dõi hoặc chuyển đến cơ sở khám bệnh, chữa bệnh để kiểm tra chuyên sâu.
Với trẻ em tại các cơ sở giáo dục mầm non, nội dung kiểm tra được quy định cụ thể hơn. Trẻ được đánh giá các dấu hiệu sinh tồn, tình trạng dinh dưỡng, tinh thần - vận động và tình trạng tiêm chủng; đồng thời khám lâm sàng các bộ phận như đầu - cổ, mắt, tai - mũi - họng, răng - miệng, cơ - xương - thần kinh. Trẻ từ 16-30 tháng tuổi còn được đánh giá nguy cơ tự kỷ.
Bộ Y tế cũng lưu ý, nếu địa phương đã tổ chức khám sức khỏe định kỳ vào đầu năm học cho trẻ em, học sinh theo quy định hiện hành thì không thực hiện thêm 1 lần kiểm tra sức khỏe đầu năm học.
Cơ sở giáo dục có trách nhiệm cập nhật dữ liệu kiểm tra sức khỏe đầu năm học lên Cổng dữ liệu sức khỏe của Bộ Y tế theo hướng dẫn của Bộ.
Việc số hóa thông tin sức khỏe học sinh nhằm phục vụ công tác quản lý, theo dõi và chăm sóc sức khỏe học đường; đồng thời tạo cơ sở để kết nối, khai thác thông tin sức khỏe theo các hệ thống dữ liệu được cơ quan chức năng triển khai.
Trong trường hợp phát hiện học sinh có vấn đề bất thường về sức khỏe, cơ sở giáo dục có trách nhiệm tư vấn và chuyển học sinh đến cơ sở khám chữa bệnh phù hợp để được đánh giá, điều trị hoặc theo dõi.
