Với quy định mới, quỹ sẽ phải công khai cả "đầu vào" và "đầu ra". Thông qua đó, cộng đồng có thể giám sát đối với khối lượng tài sản đóng góp cho quỹ cũng như việc tài sản ấy được sử dụng vào mục đích gì, số lượng bao nhiêu, cho đối tượng nào… Đây là điểm mới so với quy định hiện hành, khi mà quỹ chỉ cần công khai các khoản đóng góp.
Nghị định số 03 quy định 13 nhóm nghĩa vụ mà quỹ xã hội, quỹ từ thiện phải tuân thủ. Theo đó, quỹ hoạt động trong lĩnh vực nào thì chịu sự quản lý của cơ quan nhà nước về ngành, lĩnh vực đó.
Đồng thời, chỉ thực hiện việc tài trợ, hỗ trợ trong phạm vi hoạt động theo điều lệ, trừ trường hợp tham gia hỗ trợ khắc phục khó khăn do thiên tai, dịch bệnh, hỏa hoạn, sự cố nghiêm trọng, khẩn cấp theo quy định của pháp luật.
Nghị định cũng yêu cầu quỹ thực hiện tài trợ đúng theo yêu cầu của cá nhân, tổ chức đã ủy quyền phù hợp với tôn chỉ, mục đích của quỹ. Đồng thời quy định rõ trách nhiệm đối với các quỹ được thành lập từ tài sản hiến, tặng, di chúc nhưng không tổ chức quyên góp thì hằng năm phải dành tối thiểu 5% tổng giá trị tài sản để tài trợ cho các chương trình, dự án phù hợp với tôn chỉ, mục đích hoạt động.
Ngoài ra, Nghị định số 03 còn yêu cầu quỹ báo cáo hằng năm về tình hình tổ chức, hoạt động, tài sản, tài chính theo mẫu thống nhất; gửi báo cáo kiểm toán (nếu có) trước ngày 31-3 cho các cơ quan quản lý tương ứng với phạm vi hoạt động của quỹ.
Quỹ cũng phải thực hiện việc công bố thành lập, chấp hành các quyết định của cơ quan nhà nước có thẩm quyền và các nghĩa vụ khác theo quy định pháp luật và điều lệ…