Trong dự thảo Luật Thuế thu nhập cá nhân (sửa đổi), Bộ Tài chính đề xuất thay đổi phương pháp tính thuế đối với cá nhân cư trú chuyển nhượng chứng khoán theo hướng đánh trên phần thu nhập tính thuế trong kỳ (theo năm), với thuế suất 20%. Thu nhập tính thuế là phần chênh lệch giữa giá bán và giá mua, sau khi trừ chi phí hợp lý liên quan. Trường hợp không xác định được giá mua và chi phí, người chuyển nhượng sẽ nộp thuế theo tỷ lệ 0,1% trên giá bán từng lần, giống phương pháp đang áp dụng.
Với chuyển nhượng vốn, Bộ cũng đề xuất áp dụng thuế suất 20% trên phần thu nhập tính thuế theo từng lần giao dịch. Nếu không xác định được giá mua và chi phí, thuế suất áp dụng là 2% trên giá chuyển nhượng.

Trước đây, Luật Thuế thu nhập cá nhân 04/2007 cho phép cá nhân tạm nộp thuế 0,1% trên giá bán và được quyết toán cuối năm nếu xác định được thu nhập ròng. Tuy nhiên, từ năm 2015, Luật số 71/2014 đã quy định phương pháp thu duy nhất là 0,1% trên giá bán từng lần, không phân biệt lãi hay lỗ, cũng không cần quyết toán cuối năm.
Phương pháp này bị đánh giá là chưa hợp lý do đánh thuế cả khi người bán bị lỗ. Nhiều ý kiến đã đề xuất chuyển sang tính thuế theo thu nhập ròng để đảm bảo công bằng. Theo Bộ Tài chính, việc sửa đổi lần này nhằm khắc phục bất cập và tiệm cận thông lệ quốc tế.

Dẫn chứng từ các quốc gia, Bộ Tài chính cho biết Indonesia thu 0,1% trên doanh thu từ cổ phiếu niêm yết, trong khi Philippines áp thuế 0,6% trên tổng giá trị giao dịch. Nhật Bản đánh thuế 20,3% trên phần lãi từ bán chứng khoán như cổ phiếu và trái phiếu. Trung Quốc thu 20% với chứng khoán không niêm yết, còn Thái Lan áp dụng thuế thu nhập thông thường với khoản lãi từ chuyển nhượng vốn.
Với chứng khoán phái sinh, Bộ Tài chính lưu ý cần phân biệt rõ với chứng khoán cơ sở. Phái sinh không có giá trị nội tại, không chuyển nhượng toàn bộ giá trị giao dịch như cổ phiếu, trái phiếu. Do đó, hoạt động giao dịch chỉ ghi nhận phần chênh lệch (lãi/lỗ), không phù hợp để áp dụng cách tính thuế như chứng khoán cơ sở.