Theo đó, Thông tư trên quy định chi tiết một số điều của Luật Lâm nghiệp, Luật Đa dạng sinh học, Luật Thủy sản về quản lý loài thực vật rừng, động vật rừng nguy cấp, quý, hiếm; loài nguy cấp, quý, hiếm được ưu tiên bảo vệ; nuôi, cứu hộ, tái thả loài động vật rừng thông thường; thực thi Công ước về buôn bán quốc tế các loài động vật, thực vật hoang dã nguy cấp (gọi là CITES).
Thông tư này không quy định chế độ quản lý đối với giống vật nuôi, giống cây trồng nguy cấp, quý, hiếm và loài thủy sản nguy cấp, quý, hiếm không thuộc Phụ lục CITES.
Thông tư còn quy định, loài nguy cấp, quý, hiếm gồm: Nhóm I, Nhóm II. Cụ thể, nhóm I là các loài nghiêm cấm khai thác và sử dụng mẫu vật khai thác từ tự nhiên tại Việt Nam vì mục đích thương mại, bao gồm: Danh mục loài nguy cấp, quý, hiếm được ưu tiên bảo vệ; danh mục loài thực vật rừng, động vật rừng nguy cấp, quý, hiếm Nhóm IA: thực vật rừng, Nhóm IB: động vật rừng.
Nhóm II là các loài hạn chế khai thác và sử dụng mẫu vật khai thác từ tự nhiên tại Việt Nam vì mục đích thương mại, bao gồm: Danh mục loài thực vật rừng, động vật rừng nguy cấp, quý, hiếm Nhóm IIA: thực vật rừng, Nhóm IIB: động vật rừng.
Theo Thông tư, hoạt động khai thác, nuôi, trồng, chế biến, kinh doanh, vận chuyển, lưu giữ, quảng cáo, trưng bày, trao đổi, tặng cho, xuất khẩu, nhập khẩu mẫu vật các loài nguy cấp, quý, hiếm không được ảnh hưởng tiêu cực đến sự tồn tại, sinh trưởng, phát triển của loài đó trong tự nhiên và phải được quản lý, đảm bảo nguồn gốc hợp pháp.
Hoạt động nuôi sinh sản, xuất khẩu loài động vật nguy cấp, quý, hiếm được ưu tiên bảo vệ phục vụ mục đích thương mại chỉ được thực hiện đối với cá thể từ thế hệ F2 của loài được Cơ quan khoa học CITES Việt Nam xác định về khả năng sinh sản qua nhiều thế hệ trong môi trường có kiểm soát và không ảnh hưởng đến sự tồn tại và phát triển của loài đó trong tự nhiên.
Các hoạt động điều tra, thăm dò, nghiên cứu, khai thác, tham quan, du lịch có nguy cơ ảnh hưởng tiêu cực đến nơi sinh sống, đường di chuyển, nơi kiếm ăn của loài nguy cấp, quý, hiếm cần phải thực hiện các quy định tại Thông tư này và quy định pháp luật có liên quan và có các biện pháp giảm thiểu, bảo đảm không gây ảnh hưởng đến sự tồn tại và phát triển của loài đó trong tự nhiên.
Không sử dụng công cụ, phương tiện mang tính tận diệt, hủy diệt như: các loại vũ khí, tên tẩm thuốc độc, chất nổ, chất độc, đào hầm, hố, cắm chông, bẫy kiềng lớn, bẫy cắm chông, bẫy gài lao, bẫy điện, bẫy sập, bẫy lưới, bẫy lồng, bẫy keo, ná cao su, khúc gỗ lớn, răng sắt lớn, thiết bị phát tiếng kêu động vật để khai thác mẫu vật từ tự nhiên loài nguy cấp, quý, hiếm, trừ một số trường hợp khai thác phục vụ nghiên cứu khoa học, đối ngoại và bảo tồn khi được cơ quan có thẩm quyền phê duyệt.
Thông tư nêu rõ, loài nguy cấp, quý, hiếm Nhóm I sinh sống tự nhiên được bảo tồn tại chỗ tại khu vực phân bố tự nhiên của chúng thông qua việc thành lập khu bảo tồn thiên nhiên hoặc thực hiện các biện pháp bảo vệ nơi sinh sống, nơi di trú theo pháp luật có liên quan đối với việc quản lý, bảo vệ loài đó ở khu vực chưa thành lập khu bảo tồn thiên nhiên.
Các loài nguy cấp, quý, hiếm được bảo tồn chuyển chỗ thông qua các hoạt động: cứu hộ, nuôi, trồng cấy nhân tạo, lưu giữ, bảo quản nguồn gen, mẫu vật của loài nguy cấp, quý, hiếm để hỗ trợ cho công tác phục hồi quần thể loài ngoài tự nhiên; thả lại, chuyển vị bảo tồn để bảo vệ, phục hồi loài tại nơi sinh sống tự nhiên của chúng theo quy định pháp luật về đa dạng sinh học.
Chế độ quản lý, bảo tồn giống cây trồng, giống vật nuôi nguy cấp, quý, hiếm được ưu tiên bảo vệ, giống cây trồng lâm nghiệp thực hiện theo quy địnhcủa pháp luật về chăn nuôi, trồng trọt, quản lý giống cây trồng lâm nghiệp.
Trong mọi trường hợp động vật nguy cấp, quý, hiếm đe dọa xâm hại tài sản hoặc tính mạng của con người, tổ chức, hộ gia đình, cá nhân phải áp dụng các biện pháp ngăn chặn, xua đuổi, hạn chế gây tổn thương đến động vật, đồng thời thông tin ngay đến Sở Nông nghiệp và Môi trường hoặc UBND cấp xã gần nhất.
Trường hợp động vật nguy cấp, quý, hiếm trực tiếp tấn công con người ở ngoài các khu rừng đặc dụng, khu bảo tồn thiên nhiên sau khi đã áp dụng các biện pháp xua đuổi nhưng không hiệu quả, UBND cấp xã quyết định và trực tiếp chỉ đạo tổ chức việc bắt giữ động vật đó. Quy định về trường hợp động vật tấn công gây nguy hiểm đến tính mạng con người mà không có khả năng ngăn chặn, xua đuổi, bắt giữ thì áp dụng biện pháp phòng vệ và báo cáo kịp thời cơ quan quản lý chuyên ngành tại địa phương.
