Nếu phương án được triển khai, hành khách đi tàu đường dài từ Hà Nội trong tương lai sẽ chủ yếu lên tàu tại ga Ngọc Hồi và ga Gia Lâm, thay vì tập trung tại ga Hà Nội như hiện nay.
Theo đề xuất của Cục Đường sắt Việt Nam, ga Ngọc Hồi được định hướng là đầu mối hành khách quốc gia phía Nam, còn ga Gia Lâm là đầu mối phía Bắc và phía Đông Hà Nội. 2 ga sẽ đảm nhận chức năng đón, trả hành khách của mạng lưới đường sắt quốc gia.
Ga Ngọc Hồi nằm cách ga Hà Nội khoảng 13 km, trong khi ga Gia Lâm cách ga Hà Nội khoảng 7 km. Với các chuyến tàu Bắc - Nam, hành khách từ khu vực trung tâm Hà Nội có thể phải di chuyển về Ngọc Hồi để lên tàu đi Huế, Đà Nẵng, Nha Trang hoặc TP. Hồ Chí Minh. Các hướng phía Đông và phía Bắc sẽ được tổ chức phù hợp với đầu mối Gia Lâm.
Theo phương án quy hoạch, ga Hà Nội không bị bỏ mà được định hướng chuyển sang phục vụ đường sắt đô thị. Việc đưa đường sắt quốc gia ra khỏi khu vực trung tâm nhằm giảm các đoàn tàu chạy xuyên tâm, giảm áp lực giao thông và tạo điều kiện tổ chức lại không gian đô thị. Các ga Ngọc Hồi và Gia Lâm cũng được định hướng kết nối với mạng lưới giao thông công cộng và phát triển đô thị theo mô hình TOD.
Tuy nhiên, thay đổi này cũng đặt ra yêu cầu lớn về kết nối giao thông. Hiện hành khách chỉ cần đến ga Hà Nội là có thể lên tàu đường dài. Nếu đầu mối chuyển ra Ngọc Hồi hoặc Gia Lâm, người dân ở khu vực trung tâm sẽ phải thực hiện thêm 1 chặng bằng đường sắt đô thị, xe buýt, taxi hoặc phương tiện cá nhân.
Nếu hệ thống giao thông kết nối không được đầu tư đồng bộ, hành khách có thể mất thêm thời gian và chi phí, đặc biệt với người mang nhiều hành lý, người cao tuổi hoặc gia đình có trẻ nhỏ. Vì vậy, việc tổ chức kết nối thuận tiện giữa các ga đầu mối mới với khu vực trung tâm là yếu tố quan trọng khi triển khai phương án.
Để phục vụ việc tổ chức lại mạng lưới, Hà Nội đang triển khai các dự án đường sắt quốc gia, trong đó có tuyến Phú Xuyên - Ngọc Hồi và tuyến đường sắt vành đai phía Đông Ngọc Hồi - Kim Sơn. Tổng mức đầu tư sơ bộ của 2 dự án khoảng 40.171 tỷ đồng. Hạ tầng mới được kỳ vọng tạo tuyến tránh, từng bước đưa các đoàn tàu quốc gia ra khỏi khu vực trung tâm.
Việc chuyển đổi không đồng nghĩa ga Hà Nội lập tức dừng đón tàu đường dài. Đây là phương án trong quá trình lập quy hoạch và sẽ được thực hiện theo lộ trình, gắn với tiến độ hoàn thành các tuyến, ga mới và hệ thống kết nối. Trong thời gian chuyển tiếp, hoạt động vận tải đường sắt vẫn được duy trì nhằm bảo đảm nhu cầu đi lại của người dân.