Theo quyết định, Đại học Cần Thơ vẫn là cơ sở giáo dục đại học công lập trực thuộc Bộ Giáo dục và Đào tạo, có tư cách pháp nhân, có con dấu và tài khoản riêng, có trụ sở chính tại TP. Cần Thơ.
Đại học Cần Thơ thực hiện tổ chức lại cơ cấu tổ chức và hoạt động trên cơ sở Trường Đại học Cần Thơ theo quy định của Luật Giáo dục đại học và quy định của pháp luật có liên quan.
Về cơ cấu tổ chức, Đại hoc Cần Thơ gồm 6 trường thành viên: trường Bách khoa, Công nghệ thông tin và Truyền thông, Kinh tế, Nông nghiệp, Sư phạm, Thủy sản. Trường còn có 10 khoa, 3 viện nghiên cứu và 1 trường THPT Thực hành Sư phạm.
Thủ tướng Chính phủ yêu cầu: Bộ Giáo dục và Đào tạo, UBND TP. Cần Thơ và các cơ quan liên quan theo chức năng, nhiệm vụ, thẩm quyền hướng dẫn, giám sát quá trình chuyển đổi bảo đảm minh bạch, không để xảy ra tiêu cực, thất thoát, lãng phí tài chính, tài sản; không làm ảnh hưởng đến hoạt động bình thường, liên tục của nhà trường; bảo đảm quyền và lợi ích hợp pháp, chính đáng của người học,...
Quyết định nêu rõ: Hội đồng trường, Chủ tịch Hội đồng trường, Hiệu trưởng của Trường Đại học Cần Thơ tiếp tục thực hiện chức năng, nhiệm vụ, quyền hạn theo các quy định hiện hành cho đến khi Bộ trưởng Bộ Giáo dục và Đào tạo quyết định thành lập Hội đồng Đại học, công nhận Chủ tịch Hội đồng Đại học và công nhận Giám đốc Đại học Cần Thơ theo quy định của pháp luật.
Trong năm học 2025-2026, Đại học Cần Thơ dự kiến tuyển 10.060 chỉ tiêu, với tổng số 109 chương trình đào tạo đại học chính quy. Trong đó có 89 chương trình đại trà, 2 chương trình tiên tiến, và 13 chương trình chất lượng cao.
Theo lộ trình đến năm 2027 sẽ thành lập Trường Khoa học chính trị, xã hội và Nhân văn; trường Khoa học tự nhiên; Trường Môi trường và Tài nguyên thiên nhiên.
