Cụ thể, phương thức vận tải chuyển từ vận tải hành khách sang vừa vận tải hành khách vừa chở hàng hóa; tải trọng trục nâng từ 17 tấn/trục thành 22,5 tấn/trục; tổng mức đầu tư nâng từ 58 tỷ USD thành 67,34 tỷ USD; phương thức đầu tư chuyển từ đầu tư theo phương thức hợp tác công tư (PPP) sang đầu tư công; tiến độ đầu tư giảm 10 năm; bổ sung các cơ chế đặc biệt.
Tuyến đường sắt tốc độ cao dự kiến điểm đầu tại ga Ngọc Hồi (Hà Nội), điểm cuối tại ga Thủ Thiêm (TP. Hồ Chí Minh). Dự án đi qua 20 tỉnh, thành phố, với 23 ga hành khách và 5 ga hàng hóa. Tuyến đường này sẽ vận chuyển hành khách, đáp ứng yêu cầu lưỡng dụng phục vụ quốc phòng-an ninh và có thể vận tải hàng hóa khi cần thiết.