Theo quyết định, Cơ quan Trung ương Đoàn TNCS Hồ Chí Minh được thành lập trực thuộc Ban Thường trực Ủy ban Trung ương MTTQ Việt Nam.
Về tổ chức lãnh đạo, cơ quan gồm Bí thư thứ nhất Trung ương Đoàn và các Bí thư Trung ương Đoàn. Trong đó, Bí thư thứ nhất Trung ương Đoàn giữ chức vụ Thủ trưởng cơ quan; Bí thư Thường trực là Phó Thủ trưởng thường trực; các Bí thư Trung ương Đoàn là Phó Thủ trưởng cơ quan.
Lãnh đạo Cơ quan Trung ương Đoàn chịu trách nhiệm trước Ban Chấp hành, Ban Thường vụ Trung ương Đoàn TNCS Hồ Chí Minh và Ban Thường trực Ủy ban Trung ương MTTQ Việt Nam về toàn bộ hoạt động của cơ quan.
Việc tổ chức và hoạt động phải bảo đảm tuân thủ quy định của Đảng, pháp luật của Nhà nước và Điều lệ Đoàn TNCS Hồ Chí Minh.
Quyết định cũng quy định cụ thể các ban tham mưu, giúp việc trực thuộc Cơ quan Trung ương Đoàn, gồm: Ban Công tác Đoàn; Ban Công tác Thanh thiếu nhi và Văn phòng. Văn phòng cùng các ban tham mưu, giúp việc được thành lập các đơn vị cấp phòng trực thuộc theo quy định và phù hợp với yêu cầu thực hiện nhiệm vụ.
Đối với các đơn vị sự nghiệp, Cơ quan Trung ương Đoàn có 8 đơn vị, gồm: Báo Thiếu niên Tiền Phong và Nhi đồng; Báo Tiền Phong; Báo Thanh Niên; Nhà xuất bản Kim Đồng; Học viện Thanh thiếu niên Việt Nam; Trung tâm Hỗ trợ Thanh thiếu nhi Việt Nam; Trung tâm Phát triển Khoa học, Công nghệ và Tài năng trẻ; Trung tâm Thanh thiếu niên miền Nam.
Ngoài ra, Cơ quan Trung ương Đoàn còn có các doanh nghiệp do cơ quan, tổ chức làm chủ sở hữu hoặc thực hiện quyền đại diện phần vốn góp (nếu có).
Quyết định thành lập Cơ quan Trung ương Đoàn được ban hành trong bối cảnh triển khai chủ trương sắp xếp, kiện toàn tổ chức bộ máy của hệ thống chính trị, trong đó có việc hoàn thiện mô hình tổ chức của MTTQ Việt Nam và các tổ chức chính trị - xã hội trực thuộc.
Trước đó, ngày 1-7-2026, tại Hội nghị toàn quốc sơ kết 1 năm vận hành mô hình tổ chức tổng thể của hệ thống chính trị và mô hình chính quyền 3 cấp, Bộ Chính trị, Ban Bí thư đã giao Đảng ủy MTTQ, các đoàn thể Trung ương chủ trì, phối hợp với các cơ quan liên quan tham mưu sửa đổi, bổ sung các quy định theo hướng thành lập Cơ quan Trung ương MTTQ Việt Nam và cơ quan Trung ương của các tổ chức chính trị - xã hội trực thuộc Ban Thường trực Ủy ban Trung ương MTTQ Việt Nam.
Việc thành lập Cơ quan Trung ương Đoàn là bước cụ thể hóa chủ trương kiện toàn tổ chức bộ máy, tạo cơ sở tổ chức hoạt động, phân định trách nhiệm lãnh đạo, điều hành và bảo đảm sự phối hợp giữa Trung ương Đoàn với Ban Thường trực Ủy ban Trung ương MTTQ Việt Nam trong thực hiện nhiệm vụ chính trị, công tác Đoàn và phong trào thanh thiếu nhi.
