Do đó, Cục Hải quan sẽ tạm dừng tiếp nhận khai hải quan từ 23 giờ ngày 14-3 đến 5 giờ ngày 15-3.
Cục Hải quan yêu cầu các đơn vị bố trí cán bộ, công chức trực và phối hợp với Ban Công nghệ thông tin và Thống kê hải quan; đồng thời bố trí toàn bộ cán bộ, công chức đi làm bình thường trong 2 ngày 15 và 16-3 (tức thứ bảy, chủ nhật).
Với Ban Công nghệ thông tin và Thống kê hải quan, yêu cầu của Cục Hải quan là hoàn thành công tác chuẩn bị về phần mềm trước ngày 14-3; thông báo cho cộng đồng doanh nghiệp và người khai hải quan việc tạm dừng hệ thống hải quan trong thời gian trên.

Đơn vị này được yêu cầu thông báo bộ mã hải quan tương ứng với tên gọi mới, các thay đổi địa chỉ email theo cơ cấu tổ chức mới; bố trí cán bộ, công chức hỗ trợ, hướng dẫn và trả lời về khó khăn, vướng mắc liên quan việc sử dụng hệ thống.
Trong quá trình trên sẽ dừng tiếp nhận thông tin đến các hệ thống công nghệ thông tin vệ tinh; dừng tiếp nhận thông tin với cổng thanh toán điện tử; cập nhật thông tin danh mục; đóng các mã hải quan dừng hoạt động; thiết lập lại mã quan hệ ngân sách của tất cả các chi cục; cập nhật tài khoản kho bạc, mã kho bạc cho tất cả các chi cục…
Theo Quyết định 382/QĐ-BTC của Bộ Tài chính quy định chức năng, nhiệm vụ, quyền hạn và cơ cấu tổ chức, Cục Hải quan sẽ tổ chức theo mô hình 3 cấp từ Trung ương đến địa phương.
Tại Trung ương, Cục Hải quan có 12 đơn vị bao gồm: Văn phòng, Ban Pháp chế, Ban Tổ chức cán bộ, Ban Thanh tra-Kiểm tra, Ban Tài vụ-Quản trị, Ban Giám sát quản lý về hải quan, Ban Nghiệp vụ thuế hải quan, Ban Quản lý rủi ro, Ban Công nghệ thông tin và Thống kê hải quan, Chi cục Kiểm định hải quan, Chi cục Điều tra chống buôn lậu và Chi cục Kiểm tra sau thông quan.
Tại địa phương, Chi cục Hải quan sẽ được tổ chức theo 20 khu vực và hải quan cửa khẩu.
Sau khi sắp xếp, tổ chức lại, ngành Hải quan giảm khoảng 485/902 đầu mối.