Thủ tướng Chính phủ giao cho Bộ Công Thương chủ trì, phối hợp với các cơ quan liên quan và Bộ Tài chính điều chỉnh, xác định cụ thể nội dung, nguyên tắc, mức hỗ trợ để làm căn cứ cho việc phê duyệt, quyết toán, cấp kinh phí thực hiện các đề án, nội dung của Chương trình phù hợp các cam kết với Tổ chức Thương mại thế giới (WTO).
Bộ Tài chính có trách nhiệm hướng dẫn cơ chế tài chính thực hiện Chương trình.