Theo Bộ Tài chính, chuyển đổi số đang được đẩy mạnh trong hầu hết các khâu quản lý thuế. Đến cuối tháng 6-2026, có 99,4% doanh nghiệp đang hoạt động sử dụng dịch vụ khai thuế điện tử; ngành Thuế đã tiếp nhận 11,5 triệu hồ sơ điện tử. Hệ thống hóa đơn điện tử cũng đã tiếp nhận, xử lý hơn 26,7 tỷ hóa đơn, tạo nguồn dữ liệu lớn phục vụ quản lý và kiểm tra thuế.
Ngành Thuế đang chuyển mạnh phương thức kiểm tra sang quản lý rủi ro trên nền tảng dữ liệu. Cơ quan thuế khai thác, đối chiếu thông tin từ hóa đơn điện tử, dòng tiền, dữ liệu ngân hàng và các nguồn thông tin liên ngành để phân loại hồ sơ, tập trung kiểm tra những trường hợp có dấu hiệu rủi ro.
Cách làm này giúp cơ quan thuế giảm thời gian xử lý đối với hồ sơ có dữ liệu rõ ràng, đồng thời dành nguồn lực cho những trường hợp cần kiểm tra, xác minh. Bộ Tài chính cho biết trong 6 tháng đầu năm 2026, toàn ngành đã thực hiện 26.293 cuộc kiểm tra, với tổng số kiến nghị xử lý 34.258 tỷ đồng.
Thông tư 89/2026/TT-BTC của Bộ Tài chính, có hiệu lực từ ngày 1-7-2026, tiếp tục đặt trọng tâm vào giao dịch điện tử, khai và nộp thuế, hoàn thuế, kiểm tra thuế và kết nối, trao đổi dữ liệu. Các quy định mới được xây dựng theo hướng tăng ứng dụng công nghệ, liên thông dữ liệu, đơn giản hóa hồ sơ và rút ngắn thời gian giải quyết.
Đáng chú ý, lần đầu tiên việc kiểm tra thuế bằng phương thức điện tử được quy định cụ thể. Người nộp thuế có thể cung cấp hồ sơ, tài liệu, giải trình và trao đổi thông tin với cơ quan thuế trên môi trường điện tử, qua đó giảm thời gian đi lại và chi phí chuẩn bị hồ sơ.
Quy trình hoàn thuế thu nhập cá nhân là lĩnh vực thể hiện rõ nhất mức độ tự động hóa. Trong 6 tháng đầu năm 2026, cơ quan thuế tiếp nhận 1,98 triệu tờ khai quyết toán thuế thu nhập cá nhân điện tử, trong đó 1,66 triệu tờ khai có đề nghị hoàn.
Qua hệ thống, 1,64 triệu hồ sơ được xác định đủ điều kiện hoàn tự động, với tổng số tiền 8.185 tỷ đồng. Cơ quan thuế đã ban hành 1,5 triệu lệnh hoàn và chuyển Kho bạc Nhà nước chi hoàn 7.306 tỷ đồng. Số hồ sơ đủ điều kiện hoàn tự động tăng 550% so với cùng kỳ năm 2025.
Với doanh nghiệp đề nghị hoàn thuế, lợi ích lớn nhất hiện nay là khả năng nộp hồ sơ điện tử, giảm giấy tờ và được phân loại theo mức độ rủi ro. Những hồ sơ đáp ứng điều kiện hoàn trước, kiểm tra sau có thể được giải quyết trong thời hạn ngắn hơn đáng kể so với trường hợp phải kiểm tra trước.
Theo quy định hiện hành, hồ sơ thuộc diện hoàn thuế trước, kiểm tra sau được giải quyết chậm nhất 6 ngày làm việc kể từ khi cơ quan quản lý thuế nhận đủ hồ sơ theo quy định; trường hợp thuộc diện kiểm tra trước, hoàn thuế sau có thời hạn giải quyết dài hơn.