Theo Luật Quản lý thuế số 108/2025/QH15, có hiệu lực từ ngày 1-7-2026, việc xử lý tiền thuế nộp thừa được quy định tại Điều 15. Theo đó, tiền thuế nộp thừa là khoản tiền doanh nghiệp đã nộp vào ngân sách nhà nước lớn hơn số tiền thuế, khoản thu khác, tiền chậm nộp và tiền phạt thực tế phải nộp.
Người nộp thuế có khoản nộp thừa được bù trừ với nghĩa vụ thuế còn phải thực hiện hoặc đề nghị hoàn trả khi không còn khoản nợ thuế. Việc bù trừ có thể được thực hiện giữa các loại thuế, khoản thu khác thông qua Hệ thống thông tin quản lý thuế hoặc theo đề nghị của người nộp thuế.
Theo hướng dẫn tại Điều 42 và Điều 56 Thông tư số 89/2026/TT-BTC ngày 30-6-2026 của Bộ trưởng Bộ Tài chính, hồ sơ đề nghị hoàn trả tiền thuế nộp thừa đối với các loại thuế và khoản thu khác gồm văn bản đề nghị xử lý số tiền thuế, khoản thu khác, tiền chậm nộp, tiền phạt nộp thừa theo mẫu số 01/ĐNXLNT ban hành kèm theo Phụ lục III của Thông tư.
Doanh nghiệp cần rà soát, đối chiếu số liệu kê khai, quyết toán thuế và chứng từ nộp ngân sách để xác định chính xác khoản tiền nộp thừa. Trường hợp có sai sót về thông tin khoản nộp, doanh nghiệp cần thực hiện tra soát, điều chỉnh theo hướng dẫn của cơ quan thuế.
Hồ sơ được gửi đến cơ quan quản lý thuế có thẩm quyền để xem xét, giải quyết. Cơ quan quản lý thuế có trách nhiệm thông báo tiếp nhận hoặc không tiếp nhận hồ sơ hoàn thuế trong thời hạn 3 ngày làm việc kể từ ngày nhận được hồ sơ.
Đến hết tháng 8-2026, cơ quan thuế đã hoàn thành thủ tục chấm dứt hiệu lực mã số thuế cho gần 125.000 doanh nghiệp, chi nhánh và tổ chức; trong đó, hơn 52.000 trường hợp được xác nhận hoàn thành nghĩa vụ thuế để tiếp tục thực hiện thủ tục giải thể tại cơ quan đăng ký kinh doanh.
