Trong năm 2010, toàn ngành đã thực hiện thanh tra, kiểm tra được 18.141 đơn vị, tổng số thuế truy thu, tiền phạt là 4.014 tỷ đồng.
Theo ông Bùi Văn Nam- Phó Tổng cục trưởng Tổng cục Thuế, ngành đã tiến hành kiểm tra 825.769 hồ sơ khai thuế tại trụ sở cơ quan thuế và đã phát hiện 19.612 hồ sơ khai sai, điều chỉnh tăng nghĩa vụ thuế 503 tỷ; thực hiện ấn định 2.277 hồ sơ với số thuế là 18 tỷ đồng, số hồ sơ đề nghị kiểm tra tại trụ sở là 13.980 (bằng 163,6% so cùng kỳ năm 2009).
Ngành thuế đã chuyển hồ sơ cho cơ quan công an 1.799 vụ việc; Cung cấp tài liệu thông tin theo đề nghị của cơ quan công an 1.700 vụ việc, trong đó đã xử lý hình sự 35 vụ việc, xử lý hành chính 1.328 vụ việc, còn lại các vụ việc đang được phối hợp điều tra.
Trong giai đoạn 2006-2010, ngành Thuế đã tập trung nguồn lực cho việc thực hiện xây dựng, triển khai phương pháp thanh tra theo kỹ thuật quản lý rủi ro, tập trung vào trọng tâm, trọng điểm, đảm bảo rút ngắn được thời gian thanh tra, kiểm tra, có điều kiện nâng cao số lượng đơn vị được thanh tra và mở rộng phạm vi chấn chỉnh trong công tác quản lý thuế; Ký kết quy chế phối hợp với cơ quan Công an đẩy mạnh điều tra nhiều vụ tội phạm trốn thuế, chiếm đoạt tiền thuế để thu hồi cho ngân sách Nhà nước (NSNN) và truy tố trước pháp luật; xây dựng quy trình nghiệp vụ, sổ tay hướng dẫn thanh tra thuế; tổ chức khảo sát, học tập kinh nghiệm nước ngoài... Nhờ đó, chất lượng của công tác thanh tra, kiểm tra thuế, phát hiện và truy thu kịp thời nhiều khoản ẩn lậu, sai phạm vào NSNN.